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[ 제 목 ] 영세율 첨부서류를 제출하지 않는 경우 가산세 [ 요 지 ] 구 조세특례제한법에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세훌 부과할 수 있는 근거규정이 존재하지 아니하였으므로, 이 부분에 대한 영세율 과세표준
관리자  (Homepage)
2015-04-01 17:40:28, 조회 : 434, 추천 : 103
[ 제 목 ]
영세율 첨부서류를 제출하지 않는 경우 가산세
[ 요 지 ]
구 조세특례제한법에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세훌 부과할 수 있는 근거규정이 존재하지 아니하였으므로, 이 부분에 대한 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과처분은 위법을 면치 못할 것임(2008.02.02이전)
[ 결정내용 ]
결정 내용은 붙임과 같습니다.

원고 ◇◇기업 주식회사

피고 종로세무서장

주 문
1. 피고가 2009. 5. 12. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분, 2005년 제1, 2기분 부가가치세 가산세에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다.
2. 원고의 2008년 제1, 2기분 부가가치세 가산세에 대한 감액경정청구 거부처분 또는 부가가치세 가산세 부과처분의 각 취소 청구를 기각한다.
3. 소송비용은 원고와 피고가 각 1/2씩 부담한다.

청구취지
선택적으로,(1) 피고가 2009 5. 12. 원고에 대하여 한 2004년 제2기분, 2005년 제1, 2 기분, 2008년도 제1, 2기분 부가가치세 가산세에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소한다 또는 (2) 피고가 2009. 4. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 가산세 2004년 제2기 분 20,793,300원, 2005년 제1기분 82,347,890원, 2005년 제2기분 34,377,740원, 2008년 제1기분 150,413,630원, 2008년 제2기분 7,093,630원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유
1.처분의 경위
가. 원고는 2001. 5. 15.경 조달청으로부터 중앙선 덕소-원주간 복선전철 제4공구 노 반신설공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 75,711,900,000원에 도급받아 그 무렵 이 사건 공사에 착공하였다.
나. 원고는 당초 이 사건 공사로 공급하는 건설용역이 부가가치세 과세대상에 해당 되는 것으로 보아 공급가액의 10%에 해당하는 부가가치세를 거래 징수하여 신고・납부 하였으나, 2004. 6. 22 건설교통부 고시 제2004-148호로 이 사건 공사 현장 중 ‘경기 ○○군 ○○면 ○○리 양수역 ~ 경기 ○○군 ○○면 △△리 △△역’ 구간이 도시교통 권역으로 지정되었고, 이에 따라 도시교통권역에 편입된 공사구간에서 제공된 건설용역(이하 ‘이 사건 건설용역’이라 한다)이 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 7. 13. 법률 제7601호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다.) 제105조 제1항 제3호 소정의 도시철도건설용역에 해당하여 영세율 적용대상이 되었다.
다. 이후 이 사건 공사의 발주처인 한국철도시설공단은 2008. 6.경 원고에게 ‘2004. 6.22. 이후 이 사건 건설용역이 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 소정의 도시 철도건설용역에 해당하여 영세율 적용 대상이 되었다.’는 사실을 통보하였다.
라. 이에 원고는 2008. 12. 30. 피고에게 이 사건 건설용역이 영세율 적용 대상이라 는 사실을 알지 못하여 착오로 2004년 제2기분부터 2008년 제2기 예정신고 분까지의 부가가치세 합계 7,064,489,984원을 파다하게 신고・납부하였다는 이유로 감액경정청구를 하였고, 2009. 1. 22.경 위 감액경정청구가 받아들여져 피고로부터 위 7,064,489,984원과 환급가산금 606,392,406원을 환급받아 이를 한국철도시설공단에 반환하였다.
마. 그런데 피고는 2009. 2. 5. 원고에게 원교가 영세율 과세표준 신고불성실 가산세를 납부할 의무가 있다는 취지로 통보하면서 위 가산세를 적용하여 수정신고를 할 것 을 안내하였고, 이에 원고는 2009. 2. 12.경 피고에게 영세율 과세표준 신고불성실 가산세로 2004년 제2기분 20,793,300원, 2005년 제1기분 82,347,890원, 2005년 제2기분 34,377,740원, 2006년 제1기분 86,154,540원, 2006년 제2기분 80,754,540원, 2007년 제1기분 125,196,320원, 2007년 제2기분 90,985,480원, 2008년 제1기분 150,413,630원, 2008년 제2기분 7,093,630원 등 합계 678,117,070원의 가산세(이하 ‘이 사건 가산세’라 한다)를 수정신고 하였으나 이 사건 가산세를 납부하지는 아나하였다
바. 이에 피고는 2009. 4. 1. 원고에게 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호 로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한다) 제22조 제6항, 같은 법 시행령 (2008. 2. 22. 대통령령 제20626호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’ 이라 한다) 제64조 제9항, 제65조 제4항을 적용하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세로 이 사건 가산세를 부과하였다.
사. 이후 원고는 2009. 5. 6. 피고에게 이 사건 가산세 부과처분은 법률상의 근거가 없다는 이유로 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 5. 12. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
아. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2009. 6. 8. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2009. 12. 23. 이 사건 가산세 부과처분 중 2006년 제1기분부터 2008. 2. 21. 까지 공급분에 관하여는 ‘부가가치세법 시행령 제64조 및 제65조의 규정이 개정되어 2008. 2. 22.부터 시행되기 전까지는 구 조세특례제한법에 의한 영세율 거래에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세를 부과할 수 있는 근거규정이 없다.’는 이유로 이 사건 거부처분 중 2006년 제1기분부터 2008. 2. 21.까지 공급분에 대한 감액경정청구 거부처분을 취소하였으나, ‘2004년 제2기분. 2005년 제1. 2기분은 경정청구 기간이 이미 도과하였고 2008년 제1기분 중 2008. 2. 22. 이후 부분 및 2008년 제2기 분은 부가가치세법 시행령 제64조 및 65조가 개정, 시행되어 구 조세특례제한법에 의한 영세율거래에 대하여도 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세를 부과할 수 있는 근거규정이 신설되었다.’는 이유로 나머지 청구를 기각하였다.
【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑제1 내지 7호증, 을제1. 2. 3호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부
가. 당사자의주장
(1) 원고
(가) 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관하여
이 사건 건설용역은 구 부가가치세법령에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아닌, 구 조세특례제한법 제105조 제1항의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래이고, 이러한 경우 신고불성실 가산세를 부과할 수 있는 근거규정이 없다 할 것이고, 한편 원고가 이 사건 가산세 부과결정이 있는 날로부터 40일이 지나지 않은 2009. 5. 6. 피고에게 감액경정청구를 하였으므로 이는 경정청구기간 내에 적법하게 제기된 것이다.
따라서, 원고는 피고를 상대로 선택적으로,① 이 사건 가산세 중 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관한 감액경정청구 거부처분의 취소 또는 ② 이 사건 가산세 부과처분 중 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관한 부분의 취소를 구한다(다만, 가산세 부과처분 취소와 관련한 전심절차의 이행 여부에 대해서는, 원고가 감사원에 제기한 심사청구는 형식적으로는 감액경정청구 거부처분에 대한 취소청구의 형태로 되어 있으나, 그 실질은 가산세 부과처분의 취소를 구하는 것이므로 이에 관한 전심절차 역시 이행되었다고 볼 것이다.)
(나) 2008년 제1, 2기분에 관하여
2008. 2. 22. 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항에 따라 이 사 건 가산세 중 2008년 제1, 2기분에 대하여는 영세율 과세표준 신고불성실 가산세를 부과할 수 있는 법적 근거가 마련되었다고 하더라도, 이 사건 건설용역이 2004. 6. 22. 이후부터 영세율 적용대상이 되었기 때문에, 이 사건 건설용역의 발주처인 한국철도시설공단도 위와 같은 변경 내용을 잘 알지 못한 상태에서 10%의 부가가치세율이 적용됨을 전제로 부가가치세액을 포함한 공사대금을 원고에게 지급하였을 뿐, 영세율 적용과 관련하여 용역공급사실을 증명하는 서류를 발급해 주지 아니하였으므로, 원고에게는 가산세 변제 사유로서 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 할 것이다.
따라서, 원고는 피고를 상대로 선택적으로,① 이 사건 가산세 중 2008년 제1, 2기분에 관한 감액경정청구 거부처분의 취소 또는 ② 이 사건 가산세 부과처분 중 2008년 제1, 2기분에 관한 부분의 취소를 구한다(다만, 감사원 심사청구 결과 2008년 제1기분 가산세 중 2008. 2. 21기까지 공급분에 해당하는 부분은 이미 취소되었으므로, 원고가 2008년 제1기분에 관한 감액경정청구 거부처분의 취소 또는 부과처분의 취소를 구하 는 부분은 ‘2008. 2. 22. 이후 공급분에 해당하는 부분’에 국한되는 것으로 보이므로, 아래에서는 이에 관하여 판단한다.).

(2) 피고의본안 전항변
가산세는 본세의 납세의무성립시기에 본세에 포함되어 함께 납세의무가 성립・확정되는 것이고, 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고만을 하고 세액을 납부하지 아나하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 부과처분으로 볼 수 없다.
따라서, 이 사건 가산세에 판하여 부과처분이 있음을 전제로 하여 감액경정청구 기간을 준수하였다면서 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하거나 이 사건 가산세 부과 처분 자체의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 부적법하여 각하되어야 한다.

나. 관계법령
별지 기재와 같다.

다. 판단
(1) 피고의본안 전항변에대하여
살피건대, 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법 에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재 이므로, 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와 본질적으로 그 성질이 다른 것이므로, 가산세 부과처분은 본 세의 부과처분과 별개의 과세처분이고(대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조), 나아가 부가가치세는 과세표준과 세액을 신고하는 때에 확정되는 것이지만 신고 불성실 또는 납부불성실 가산세 납세의무의 확정을 위하여는 과세관청의 가산세 부과 처분이 별도로 필요하다고 할 것이다(납부불성실 가산세에 관하여는 대법원 1998. 3 24. 선고 95누15704 판결 참조).
따라서, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 본안 전 항변은 이유 없다.

(2) 본안에 대하여
(가) 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관하여
1) 구 부가가치세법 제22조 제6항은 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 아니한 경우 가산세를 부과할 수 있도록 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항은 구 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 같은 법 시행령 제64조 제3항 또는 제65조 제2항 소정의 서류를 당해 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 과 세표준의 신고로 보지 않는다고 규정하고 있으므로, 구 부가가치세법 제22조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항에 의하여 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주하기 위하여는 그 신고 대상 과세표준이 구 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 관한 것이어야 할 것이다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2003두9718 판결).
그런데 이 사건 건설용역은 구 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조의 규정에 의하여 영세율을 적용받는 거래가 아니고, 구 조세특례제한법 제105조 제5호에 의하여 영세율 적용을 받는 거래에 해당하므로, 이 사건 건설용역이 구 부가가치세법 제11조 제1항과 구 부가가치세법 시행령 제26조에 의하여 영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 한 피고의 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관한 영세 율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과처분은 위법하다.
또한 신고납세방식에 의한 조세뿐만 아니라 부과납세방식의 조세에 관하여도 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항의 감액경정 청구가 가능하다고 할 것이나, 다만 위 규정에 의하면 감액경정청구는 과세표준 및 세액의 결정이 있는 경우에는 심사청구 기간(90일) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는데, 원고가 이 사건 가산세 부과처분이 있은 날인 2009. 4. 1.로 부터 위 심사청구기간 이내인 2009. 5. 6. 피고에게 이 사건 가산세에 관하여 감액경정 청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 감액경정청구는 경정청구기간을 준수하였다고 볼 것이다.

2) 이에 대하여 피고는, 원고가 단순히 영세율 첨부서류만을 미제출하였던 것이 아니 라 당초 영세율 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 자체를 잘못한 귀책사유가 있으므로, 이러한 경우에는 위 대법원 2006. 9. 8 선고 2003두9718 판결에 따른 법리가 적용될 수 없다고 다투나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 건설용역이 영세율이 적용되는 거래임에도 원고가 영세율 적용과 관련한 첨부서류를 제출하지 아니하여 구 부가가치 세법 제22조 제6항, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하지 않은 것으로 간주되어 이 사건 가산세 부과처분이 내려졌고, 또한 2008. 2. 22. 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제9항, 제65조 제4항이 시행되기 전까지는 구 조세특례제한법에 의하여 영세율이 적용되는 거래에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세훌 부과할 수 있는 근거규정이 존재하지 아니하였으므로, 이 부분에 대한 영세율 과세표준 신고 불성실 가산세의 부과처분은 위법을 면치 못할 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3) 따라서, 이 사건 가산세 중 2004년 제2기분 및 2005년 제1, 2기분에 관한 감액경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
(나) 2008년 제1, 2기분에 관하여
살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 ・ 납세의무 등을 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 ・ 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 등 참조).
이러한 법리에 비추어 보건대, 2004. 6. 22. 건설교통부 고시에 의하여 이 사건 건설 용역이 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 소정의 영세율 적용대상이 되었음에도 원고가 이러한 사정을 알지 못하여 영세율 관련 첨부서류를 제출하지 못하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고가 신고의무를 불이행한 데에 정당한 사유가 존재한 다고 보기는 어렵다.
따라서, 원고의 이 부분에 대한 감액경정청구 거부처분 취소 또는 부과처분 취소에 관한 주장은 모두 이유 없다.

4. 결 론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 2008년 제1, 2기분 부가가치세 가산세에 대한 감액경정청구 거부처분 또는 부가가치세 가산세 부과처분의 각 취소 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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