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Start →제2절 非營利法人에 대한 租稅優待의 制限 Ⅰ. 事後管理 1. 出捐財産과 관련된 事後管理 (1) 출연재산의 사후관리 가. 출연받은 재산을 3년 내에 공익사업 등에 사용하지 않은 경우 출연받은 재산을 직접공익사업 등 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업 등에 사용하지 않은 경우에는 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과한다. 다만, 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우로서 보고서의 제출과 함께 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다1). 나. 출연받은 재산을 내국법인의 주식 등의 취득에 사용한 경우 증여세가 부과되지 않는 출연재산의 범위에는 원칙적으로 제한이 없지만, 대기업이 문화재단 등을 설립하여 계열회사를 지배하는 수단으로 이용하는 사례를 방지하기 위하여 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 다음의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그 초과하는 분에 대하여 증여세를 부과한다. ① 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 ② 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 다만, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다2). (2) 출연재산 매각금액에 대한 사후관리 가. 출연재산 매각대금을 공익사업에 사용하지 않은 경우 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 매각대금의 90%에 미달하는 경우에는 그 미달한 부분에 대하여 증여세를 부과한다. 이 경우 매각대금에는 매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함한 총 매각대금에서 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세와 지방세를 제외하며, 직접공익목적에 사용한 실적에는 매각대금으로 직접공익목적사업용 또는 수익사업용재산을 취득한 경우를 포함한다3). 한편 2000년 1월 1일부터는 직접공익목적사업용 또는 수익용 재산을 취득하는 범위에 이 재산을 취득하기 전에 출연받은 재산의 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 일시취득재산을 취득하는 경우에는 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 것으로 보지 않는다. 나. 출연자산 매각대금의 의무사용비율 미달 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금 중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도종료일부터 1년 이내에 매각대금의 30%, 2년 이내에 매각대금의 60%에 미달하게 사용하는 경우에는 그 미달하는 부분에 대하여 가산세를 부과한다. 이 경우 당해 매각대금 중 직접공익목적사업용 또는 수익사업용재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다4). (3) 출연재산 운용소득에 대한 사후관리 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접공익목적사업 외에 사용하는 경우와 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운영하여 얻은 순용소득에서 고유목적사업 외에 사용한 금액을 차감한 운용소득 중 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 수익사업에서 법인세, 농어촌특별세, 주민세 및 이월결손금을 차감한 금액의 100분의 70에 미달하는 경우에는 그 미달하는 가액에 대하여 가산세를 부과한다. (4) 기타 가. 공익법인의 목적사업이 특정인에게만 혜택을 주는 경우 직접공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위․직업․근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 경우에는 증여세를 부과한다. 다만, 주무부장관이 재정경제부장관과 협의하여 따라 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 중 하나에 해당하는 조건으로 한 경우에는 그러하지 아니하다. ① 당해 공익법인 등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우 ② 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받은 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우 나. 출연재산을 특수관계인에게 사용․수익하게 하는 경우 공익법인 등이 출연받은 재산 등을 출연자 및 그 친족, 출연자가 출연한 다른 공익법인 등 및 특수관계에 있는 자에게 당해 재산의 임대차․소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용․수익하게 하는 경우에는 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인 등의 직접공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 경우에는 그러하지 아니하다5). 2. 株式取得․保有와 관련된 事後管理 공익법인 등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식 등을 보유하고 있는 경우에는 다음의 유예기간내에 100분의 5를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 한다. 다만, 성실공익법인과 국가․지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 공익법인의 경우는 100분의 5 이내 보유의무에 대한 예외를 두고 있다6). (1) 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등의 지분율이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하고 100분의 20 이하인 경우에는 1999년 12월 31일 (2) 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등이 지분율이 발행주식통수 등의 100분의 20을 초과하는 경우에는 2001년 12월 31일 3. 公益性과 관련된 事後管理 (1) 의의 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등 외에 사용하거나, 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과한다. 다만, 시행령 제38조 제3항의 사유 즉, 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관이 인정하고 이를 공익법인의 보고서 제출시 관할세무서장에게 보고한 경우는 제외한다. 이 경우 주무부장관으로부터 3년 이내 사용이 곤란하다고 인정은 받았으나, 관할세무서장에게 보고하지 아니한 경우에는 증여세는 부과하지 않고 가산세만 부과될 것이다. 한편，1994년 법 개정전에는 공익법인이 출연받은 재산을 2년내에 출연목적에 전부 사용하도록 하였으나 출연받은 재산을 2년 이내에 전부 사용하는 데에는 어려움이 있으므로, 1994년 12월 22일 법 개정시 그 출연받은 재산을 출연목적에 전부 사용하는 기간을 3년으로 합리적으로 연장하였으며, 동 개정규정은 1995년 1월 1일 이후 증여세를 결정하는 분부터 적용하도록 하였다(법률 제4805호). (2) 직접 공익목적사업의 범위 상속세및증여세법 제48조 제2항 제1호에서 「직접 공익목적사업에 사용」한다 함은 다음의 2가지 경우를 말한다7). ① 출연받은 재산을 당해 공익사업의 정관상의 고유목적사업(직접 공익목적사업)에 사용하거나, 당해 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하여 얻은 출연재산 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용하는 경우와 ② 출연받은 재산을 당해 공익사업의 효율적 수행을 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에게 출연하는 경우를 포함한다. 2000년 12월 29일 시행령 개정 이전에는 동일한 목적의 공익법인에게 고유목적사업용 재산에 한하여 재출연이 가능하였다. 다만, 사립학교법에 의한 학교법인의 경우에는 교육용 기본재산은 사실상 매각처분이 금지되고 있으나, 기본재산 중 수익용 기본재산은 타학교법인에 출연할 수 있으므로 수익용 기본재산 중 현금, 주식 등이 아닌 부동산을 타학교법인에 출연하는 경우 증여세를 면세하여 공익사업의 실효성을 제고하고 사립학교의 취약한 재정을 지원하도록 하기 위해 학교법인이 수익용 재산을 다른 학교법인의 교육용 기본재산으로 출연하는 경우만 수익용 재산의 재출연이 가능했었다. 현재는 당해 공익사업의 효율적 수행을 위하여 주무관청의 허가를 받은 경우면 목적이 다른 공익법인에게 재출연할 수 있으며，수익용 재산도 재출연이 가능하다. 정관상의 고유목적사업에 사용한 경우이더라도 공익법인 등이 정관상의 고유목적사업을 수행하기 위하여 지급한 관리비는 직접 공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 않는다. 2000년 12월 29일 시행령 개정 이전에는 관리비뿐만 아니라 인건비도 직접 공익목적사업에 사용한 금액에는 포함하지 않았고, 다만 인건비 중 의사․교사․사서․보모 및 전문연구원 인건비 전액과 기타 인건비 중 일정한도 이내의 금액, 관리비 중 고유목적사업에 직접 사용하는 시설의 수선비전기료․전화통화료 등만을 포함하였다. 따라서 시행령 개정으로 인하여 공익법인이 고유목적사업준비금을 설정한 경우 인건비 전액을 비용으로 인정하는 법인세법시행령 제56조 제6항과 인건비 사용기준을 일치시켰다. 이는 2000년 12월 29일 이후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다8). 공익법인이 출연받은 재산을 단순히 수익사업용으로 제공했다는 것만으로 출연목적에 사용한 것으로 볼 수 있는지는 해석상 의문이 있을 수 있으나, 법 제48조 제2항 제1호 본문 및 기본통칙 48-38…2에 의거 ① 공익목적사업용으로 사용하거나 ② 공익목적사업비로 사용하거나 ③ 수익사업용으로 사용하거나 모두 이를 출연목적에 사용하는 것으로 인정된다. 즉, 시행령 제38조의 직접 공익목적사업에의 사용은 그 의미가 출연목적에의 사용으로서 상당히 포괄적으로 해석하여야 한다. 또한, 기본통칙 48-38…2에서는 「출연목적에 사용」한다 함은 출연받은 재산을 양도하고 동 양도대금으로 공익사업용 자산을 취득하는 경우를 포함한다고 규정하고 있다. (3) 과세표준의 계산 공익법인 등이 출연받은 재산은 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에 증여세가 부과되는 과세표준의 계산은 법인세법 시행령 제40조 제1항 제1호에 의한다. (4) 승인 및 보고 사용에 장기간을 요함으로써 3년내 사용에 대한 예외를 인정받기 위하여 종전에는 반드시 주무부장관의 승인을 받고 그 승인사실을 세무서장에게 보고하는 경우에 한하여 인정되었으나, 1994년 12월 22일 법 개정으로 주무부장관의 사용승인만 얻으면 세무서장에게 보고하지 않은 경우에도 증여세를 부과하지는 않으며 다만, 법인세법 제78조 제3항에 의해 제출하지 아니하거나 누락된 재산가액에 상당하는 상속세 증여세액의 100분의 1에 해당하는 가산세를 부과하게 된다. 여기서 주무부장관이란 당해 공익법인에 대한 허가․검사․감독을 하는 주무관청을 말한다. ← End
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